Poprvé bylo jako připomínka kultu místního rodáka a světce Jana Nepomuckého muzeum otevřeno v roce 1930. Komunistický režim ho však po 20 letech uzavřel. Muzeum je v budově arciděkanství a návštěvníci mohou vidět exponáty z původního muzea, které vzniklo po roce 1929, kdy se ve městečku konala pouť při příležitosti 200 let od svatořečení Jana Nepomuckého. Tehdejší děkan Jan Strnad pak začal shromažďovat předměty spojené s kultem a osobou světce. 

 Dnes je muzeum rozděleno do čtyř místností, které představují život a dobu svatého Jana, mýty a ikonografii spojenou s jeho osobou. V expozici jsou k vidění sošky, upomínkové předměty z poutí, obrázky, knihy, relikviáře, monstrance, obrazy či barokní nástroje z kostelního kůru.

Rozhovor s kardinálem Dukou o muzeu

Obnovené muzeum otevřel kardinál Dominik Duka, díky němuž se také do kostela a pak do muzea na několik hodin dostal relikviář sv. Jana Nepomuckého s částí světcovy tkáně. Relikviář patří do Svatovítského pokladu a je jednou z nejcennějších českých památek.

Slavnostnímu otevření Svatojánského muzea předcházela Mše svatá na které i promluvil arcibiskup pražský a primas český – kardinál Dominik Duka se kterým pak krátce hovořil redaktor Českého rozhlasu v Plzni - Jiří Blažek . . .

Jan Nepomucký je údajně nejslavnější Čech v zahraničí . V Evropě má přes 33.000 soch, je patronem řady měst i států. Jako svého druhého hlavního patrona ho má například i Mexiko.

S kardinálem Dukou hovořil Jiří Blažek, Český rozhlas Plzeň