Situaci kaplanů v Armádě ČR na plénu ČBK představil plukovník P. Jaroslav Knichal, hlavní kaplan Armády ČR, který seznámil biskupy s koncepcí zapojení trvalých jáhnů do služby vojenských kaplanů v rámci duchovní služby Armády ČR, a to z důvodu dlouhodobého nedostatku kandidátů na službu vojenského kaplana z řad katolických duchovních. Aktuálně je v Armádě ČR 34 vojenských kaplanů. Z tohoto počtu je 11 katolických duchovních - 6 římskokatolických kněží, 4 trvalí jáhni a 1 řeckokatolický kněz. Biskupy přijel pozdravit i velvyslanec ČR při Svatém stolci Mgr. Václav Kolaja, který informoval o aktivitách českého velvyslanectví ve Vatikánu a současné situaci vztahů mezi Českou republikou a Svatým stolcem.
 
Biskupové hovořili o logistických přípravách na návštěvu „Ad limina“, která by se podle informací Svatého stolce měla uskutečnit od 8. - 13. listopadu 2021. Audience biskupů u papeže Františka je předběžně plánována na 11. listopadu. Návštěvu Ad limina apostolorum (K prahům apoštolů) by každých pět let ve Vatikánu měli vykonat biskupové, kteří zde podávají zprávu o stavu svých diecézí. Návštěva zahrnuje setkání s papežem, návštěvu hrobů apoštolů sv. Petra a Pavla, čtyř papežských bazilik a jednotlivých vatikánských úřadů. Na programu zasedání byla také příprava na nadcházející biskupskou synodu Za synodální církev: společenství, spoluúčast a poslání, jejíž zahájení bude Svatý otec slavit ve Vatikánu ve dnech 9. - 10. října 2021 a následující neděli 17. října 2021 proběhne zahájení synody v diecézích.  
 
Biskupové se v rámci plenárního zasedání intenzivně zabývali i tématem sexuálního zneužívání v církvi. Schválili novelu Instrukce o postupu biskupů a vyšších představených při předběžném šetření některých trestných činů proti 6. přikázání Desatera na území ČR tak, že do ní byly zapracovány nové právní předpisy vydané Apoštolským stolcem.

Členové ČBK rovněž debatovali o společných ekonomických záležitostech týkajících se majetkového narovnání a hospodaření organizací, které spadají pod gesci ČBK. Dále prezentovali podněty z komisí a rad, schválili nový jednací a organizační řád ČBK, návrh překladu nových invokací pro litanie ke cti sv. Josefa a národní úmysly apoštolátu modlitby na rok 2022. Seznámili se také s hlavními body dokumentu Biskup a jednota křesťanů. Ekumenické vademecum.

Hovořili o programu a účasti na blížícím se eucharistickém kongresu v Budapešti, papežské návštěvě na Slovensku a Národní svatoludmilské pouti, kterou 18. září vyvrcholí Rok sv. Ludmily. Hlavním celebrantem mše svaté na Tetíně bude vídeňský arcibiskup Christoph kardinál Schönborn OP.
 
Biskupové vydali také Prohlášení k manželství stejnopohlavních párů a prohlášení k říjnovým volbám do Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR.